Ojo cuidado.
Ten en cuenta que las rutas se duplican en el navigator.
Cuando las envías desde el PC (por ejemplo desde Basecamp) dejas un fichero GPX en el directorio del mismo nombre, bien de la memoria interna o de la tarjeta SD. Para borrar esos, se puede hacer desde Basecamp o desde el explorador de archivos de un pc (te vas a la carpeta GPX correspondiente y te cepillas lo que haya)
Pero, además, cuando "importas" una ruta desde el Planificador de rutas del navegador, lo que hace es leer el fichero gpx (y lo deja donde estaba, no lo borra) y añadir, dentro del fichero current.gpx, la ruta importada.
Es decir, las rutas están 2 veces, una en el fichero gpx que has cargado al navegador y otra como un añadido dentro del current.gpx, que es lo que se ve en el planificador de rutas.
Por eso, si borras el fichero current.gpx, es como si fueras al planificador de rutas y borraras todas las que te aparecen.
Resumiento. Si borras una ruta en el planificador, sólo la quita del fichero current.gpx, pero sigue estando en el directorio en la que lo cargaste. Y, al reves, si la quitas del directorio, sigue estando dentro del fichero current.gpx
Espero haberme explicado