Mira a ver si la camisa del cable del acelerador, en su parte final donde tiene una especie de casquillo, cerca del cilindro, se aloja bien, es decir; ese casquillo se mete dentro de una especie de "vaso" donde queda asentado. Cuando se desmonta el depósito esa camisa se suele salir y el motronic no detecta bien la posición de las mariposas de inyección.
También, ten en cuenta que si esto ha sucedido, deberás de "resetear" la centralita, esto es, con la llave de contacto girada pero sin arrancar la moto Y EL CABLE DEL ACELERADOR YA EN SU SITIO, deberás de mover el puño del acelerador hasta su tope y volver a decelerar, pero de forma suave, al menos en dos ocasiones. De esta forma detectará la posición correcta.
Si todo esto que te acabo de comentar, no funciona o simplemente el casquillo comentado, estaba desde el inicio bien colocado, es muy probable que la placa del sensor Hall no esté en la posición correcta. No se si cuando desmontaste el sensor, tuviste la precaución de hacerle una marca a la placa y a la zona del motor donde se asiente, para luego colocarla en la misma posición.
Espero que tengas suerte.
Un saludo.