Pero qué motocicleta es?.
En fin, supongo que será una F más o menos moderna.
En un mantenimiento normal las electroválvulas del módulo de ABS están cerradas, te entraría aire en el circuito de frenos que sea, pero no dentro del ABS.
Pero si has usado el sofware mientras había aire en el circuito pues supongo que podría haber entrado aire en el módulo de ABS. Si ese es el caso pues haz un purgado manual del aire, usando el purgador y mando de freno. Una vez conseguido, usa luego la función de purgar el propio módulo del ABS con el software.
Una vez cebado el módulo, ese aire ese aire pasará al circuito de frenos de nuevo, y ya podrás sacarlo repitiendo un purgado manual.
Si no es a la primera repite el proceso, digo yo que así saldrá el aire tarde o temprano.