Sí, puede ser del sensor de la caja de cambio (en un post anterior han puesto la página del manual donde dice cómo resetearlo), puede ser del sensor que hay en la varilla de la palanca de cambio (soy bastante frágiles y he visto más de un caso en el que una simple caída hacia el lado izquierdo ha dañado ese sensor, aunque aparentemente esté bien y no se vea ni una sola ralla en su carcasa), y puede ser que el ajuste que hace la centralita esté mal (aunque esto no debería ocurrir nunca).
Cuando te encuentras con que tienes una moto con algún sistema electrónico que no va bien y en el taller no te lo saben resolver, la única opción que te queda es venderla y comprar otra. Mi recomendación en este caso es venderla al propio concesionario o a una compraventa. Así son ellos los que tienen que ofrecer la garantía al comprador. Si la vendes a un particular, te pueden luego poner una reclamación por vicios ocultos y tendrías que hacerte cargo de la reparación.