SI, pero pierdes la estructura de carpetas y listas que puedas haber creado, todos los elementos estarían en una única lista.
Para lo que quieres hacer, mejor usa la opción de Archivo > Copia de seguridad. Te deja todo en un único archivo, manteniendo la estructura de carpetas y listas, e incluyendo todo su contenido.
Después, Archivo > Restablecer, tiras del fichero de copia que hayas hecho y tendrás una imagen exacta de tu base de datos.
Una advertencia. Lo que no se guarda en la copia de seguridad es la configuración de BaseCamp en sí, los parámetros que hay en Editar > Opciones.
Te sugiero que guardes unos pantallazos de tus configuración actual, especialmente de las pestañas de Rutas de los Perfiles de Actividad.
Una vez reinstales basecamp, los vuelves a poner como los tenías, antes de restablecer la base de datos.