Hola:
Poco te voy a ayudar, pero te cuento lo que yo haría.
He estado un par de veces en Alpes y una de ellas salí de Suiza (Bellinzona, preciosa cuidad por cierto) por Milan a Genova para volver por la costa Azul.
Y en el Stelvio no he estado porque siempre me ha pillado lejos.
Así que lo que yo haría: poner en un mapa los puertos (o ciudades/pueblos) que quiero visitar, de lo que yo conozco imprescidibles (para mi ojo que cada uno tendrá los suyos) la zona de Gallibier - L'Iseran (Francia) y los de la famosa prueba del 9: Furka, Sustem, etc. en Suiza, Si te quieres mover por Italia (yo no lo conozco) pues Stelvio, gavia, etc. ojea crónicas de la gente para ir haciendote una idea de lo que puede ser más interesante.
Yo también tengo sitios que creo que merece la pena visitar, Chamonix Mont Blanc y posiblemente una vuelta por la D902 para ver el macizo del Mont Blanc que es impresionante, La zona de Interlaken hasta Grindelwald (Suiza) o alguna ciudad como puede ser Berna o sitios que están de cine si te pillan a mano como las gargantas de Via Mala (Suiza). Ojo a mi me encanta la montaña y hacerme kilómetros para ver una montaña mítica no me supone ningún problema, más bien al contrario.
Una vez metido todo en un mapa, me iría creando rutas de unos 300km, aquí también depende de tu manera de ir en moto, yo soy de madrugar y darle a la moto sin perder mucho tiempo en tomar cafés y similares, por ejemplo como de bocatas en sitios chulos para no perder el tiempo y ya ceno si eso de sentado y tranquilo. Pienso que con unos 300km de carreteras reviradas (que harás una media de 60) ya tiene 5 o 6 horas de moto seguro, si te tienes que desplazar de una zona a otra por carreteras rápidas (pocas a no ser que pilles autopista) pues le puede poner 100 o 150 km más.
Yo los hoteles los voy reservando sobre la marcha, de un día para otro o el mismo día mientras desayuno, habiendo visto la meteo con el wifi del hotel y el móvil. La cosa es no buscar en ciudades o pueblos grandes y turísticos, si te sales al campo (estaciones de esqui por ejemplo) encuentras cosas curiosas a precios decentes. No me gusta llevar reservado desde aquí, porque allí el tiempo es tan cambiante que te arriesgas a pasar varios días bajo la lluvia en una zona porque reservaste alojamientos, mientras en otras zonas el tiempo es bueno.
Ya siento ser tan poco concreto, seguro que algún compi te da consejos mucho mejores. Disfruta de viaje.
Saludos
