Hola avespa,
Vamos por partes:
Puedes poner una toma directa a batería con su correspondiente fusible y no afectará a nada de la electrónica de la moto pero en este caso, debes saber que salvo que la conectes con su correspodiente relé, esta toma que instales tendrá corriente permanente, para lo bueno y para lo malo. Es decir podrás usar un compresor por ejemplo en esa toma pero si se te queda algo conectado te descargará la batería salvo que tengas el relé que cortará la corriente al quitar el contacto.
De todas formas, ojo con la garantía, ya que a mí me avisaron que si la ponía y tenía algún fallo eléctrico la garantía no lo cubriría pero como siempre dependerá del concesionario. Por esa razón yo negocié con la moto la original que existe como accesorio y que va también protegida por el Can Bus.
La toma de mechero que trae la moto junto a los relojes, está gestionada por el sistema Can Bus de la moto y soporta un consumo máximo de 5A. Si se tienen las dos de origen (la que trae la moto más la que se compra como accesorio) se reparten esa capacidad entre las dos pues su alimentación sale del mismo sitio.
En cuanto a quitar el soporte del GPS, puedes. Quitas el soporte y siguiendo el cableado llegarás a un conector de alimentación. Lo desenchufas y listo. Es más, puedes adquirir en BMW o en la industria auxiliar un conector con su cableado que te permitirá utilizar esa alimentación del GPS de serie para tu Tom Tom sin cortar nada de la instalación y así poder volver a la situación de origen en cualquier momento. De esta manera al desconectar el contacto nunca te quedará encendido el GPS por descuido y dejas libre la toma de mechero para otros accesorios.
Si de todas formas quieres poner otra toma de mechero, la de origen adicional que se compra como accesorio (es la que yo llevo) va alojada en la parte izquierda de la moto, en el hueco de plástico que hay bajo el asiento y si finalmente pones otra, directa a batería, yo la pondría en esa ubicación pues tienes sitio para alojarla, te queda cercana a la batería y cómoda para alimentar ropa calefactada, etc...