La R1200C no es un prodigio frenando, para mí el ABS es indispensable y te recomiendo que no circules salvo que sea imprescindible y lo repares lo antes posible. El módulo ABS muchas veces se desconecta cuando tienes la batería baja (al arrancar no pasa el test y la moto lo desconecta), es decir, funciona perfectamente, pero como te digo, yo no lo haría.
El módulo ABS se puede diagnosticar en parte con un GS911, no es que dé mucha info pero algo sí que da y puede ser un simple sensor, un cable con humedad, etc, yo empezaría por ahí que igual es una chorrada.