Yo todavía no tengo alarma, pero me he leído el manual de la misma y es posible que lo que te ocurre se deba a que has pulsado en repetidas ocasiones el mando lejos de la moto.
Estos mandos no emiten siempre en la misma longitud de onda (no sé si se dice así) sino que cada dos o tres pulsaciones cambian, tanto el mando emisor como la alarma receptora. Si pulsas el mando varias veces fuera del alcance de la alarma, cambiará su señal sin coordinarse con la moto, de modo que la moto estará esperando recibir en una longitud de onda y el mando estará emitiendo en otra diferente, por lo que debes volver a emparejar el mando con la alarma.
En el manual también indica como configurar la alarma para que se active y desactive con la llave, sin necesidad de utilizar el mando.
Saludos