No sé, el ruido me parece el golpeteo del estriado del embrague con el del primario de la caja de cambios. Al girar el motor de forma irregular digamos que el estriado no está todo el rato empujando con el mismo lado del dentado, si no que va cambiando de un lado al otro, causando el ruido.
A ver si me explico: cuando aceleras el estriado de toda la transmisión contacta con un sólo lado del dentado, y ese dentado arrastra toda la transmisión ya sea en punto muerto o con marchas engranadas.
Cuando el motor está en freno (dejas de dar gas), cambia de lado de contacto del dentado. Si el motor acelera y frena rápidamente, el contacto entre dentado cambia y causa ruidos. Ejemplo que todos conocemos: si vas en marcha y sueltas de golpe el gas, se oye como un "clok". Es el dentado, que cambia de lado de contacto. En tu caso, si se acelera y frena el motor constante y rápidamente como con un ralentí inestable, se podrían generar esos ruidos, o bastante similares.
Repite la prueba del vídeo otra vez, pero en esta ocasión desembraga. Si ese es el origen del ruido a cascajo al desembragar deberías dejar de oírlo, ya que el primario de la transmisión deja de recibir par a través del el embrague y sus estriados ya no se golpean.
No sé cuantas RPM tendrá ese motor al ralentí, quizá lo tenga un poco bajo. Eso favorecería el giro irregular y el golpeteo, en el segundo vídeo se ve que a nada que das gas se va. Sube un poco el ralentí a ver, al alcanzar más velocidad angular el cigüeñal gira de forma más estable.
Ya como curiosidad, ese golpeteo continuo es el responsable de la muerte de muchos estriados en las motocicletas de la gama R, sobre todo en las R1150 con 6ª Overdrive. El motor iba bajo de vueltas y giraba de forma irregular, lo que hacía aparecer ese golpeteo entre estriados, hasta acabar el uno con el otro. Curiosamente se daba antes en motocicletas bien tratadas.