Sin duda: Múnich dos dias, Salzburgo 1 día. Desde luego que ambas ciudades son maravillosas pero Múnich, aparte Museo BMW y BMW Welt (al lado, es como un concesionario BMW a lo bestia y supermoderno), te ofrece mucha más variedad de museos y la ciudad es maravillosa, cercana, amable y una oferta magnífica de ocio.
Salzburgo es preciosa, encantadora, pero casi monotemática: Mozart. De todas formas no te la pierdas.
Saludos.