Hola, no es que conozca mucho la intalacion electrica de tu moto, pero supongo que habras comprobado que los dos reles son identicos antes de cambiarlos, lo que puede sucederte es que tengas en cortocircuito la bomba de combustible y por eso te funda el fusible, con los reles en su sitio prueba a dejar suelta la alimentacion de corriente de la bomba de combustible y haz la prueba haber si te funde el fusible, si con el fusible fundido te gira pero no te arranca es posiblemente por que no le llegue gasolina y al cambiar el fusible y poner el contacto si la bomba esta cortocircuitada te lo funde.
Es una idea, saludos y que encuentres pronto la averia.