Hola,
He tenido problemas parecidos durante un tiempo.
Falta de potencia, no sonaba redonda, al final, a la que pretendia recuperar velocidad con marchas largas, parecia que se parase la moto por fallarle un cilindro.
Por fín lo encontré, eran los cables de alta, los que va de la bujia a la bobina. Ojo, estoy hablando de una moto más yaya que la tuya. De 17 años, pero una R1100RS al fín y al cabo.
Lo descubrí de casualidad al sacarme el casco con la moto en marcha, despues de un viaje. Se oia un clic clic clic caracteristico de cuando salta una chispa. Se ve y oye mejor si le sacas los embellecedores que tapan las pipetas.
Si quieres buscar el fallo, empieza de fácil a dificil.
Creo yo que podria ser algo como:
- Tienes aceite en el motor?
- Cambiar bujías. De paso verás si el color de las mismas es +/- de café con leche y parecido en los dos cilindros. También revisa las pipetas, que tienen un filtro antiparasitos.
- Llega la gasolina a los inyectores? Falla el sensor de la pata de cabra? Si sacas el tubo de gasolina de uno de los inyectores, al meter contacto debería sacar un caño importante de gasolina a la que cierras la pata de cabra.
- Prueba de compensar los cilindros con el twinmax o un vacuometro
- Ya puestos de desmontar la moto:
- Filtro de aire +/- en condiciones. Tienes hojas o mucha suciedad?
- Bomba de gasolina y filtro
- Conectores del pick-Up, barrera hall, barrera megnética, Es lo mismo pero tiene varios nombres. También podria ser que tengas los pickUp estropeados, raro pero posible.
- Ya que tienes el depósito fuera, saca los cables de alta, revisalos y limpialos.
Para desanimarte un poco

- Le hice todo esto a la moto varias veces y no consegui nada. Al final y despues de tiempo descubrí por casualidad los saltos de chispa que salian desde las pipetas hasta los culatines, los clic clic antes mencionados.
Despues de cambiarlos (100 del ala los dos cables con pipetas etc) La moto parece otra. Mas redonda y ya no falla.
Suerte
Lluisrd