En un móvil, igual que en un ordenador, las aplicaciones compiten por el uso de recursos y cada APP es de su padre y de su madre por lo que algunas podrían entrar en conflicto. Si restauras a fábrica funcionará bien hasta que vuelvas a instalar las APP que se han borrado. Yo soy de los que me instalo todo lo que encuentro por ahí y luego me toca desinstalar porque no va cara al aire.
Los contactos, si te haces una copia previa al formateo, cuesta dos minutos de restaurar; y el whats, ya hace sus propias copias de seguridad por lo que, en cuanto inicies sesión con tu cuenta de gmail, lo tienes todo igual que estaba.
Saludos,