El módulo el ABS es MUY sensible a las caidas de tensión, si la batería murió, y tu la recuperaste, esa "bajada" de tensión queda marcada en la memoria del módulo, incluso despues que la batería vuelve a su volteje normal, demoran unos Km en apagarse las luces rojas parpadeando.
Siempre que la tension baja mucho de los 12V, el ABS da falla, siempre.
Ahora si has recargado bien la batería, pero está "tocada", seguramente la moto arranca pero el motor de arranque tira por un instante la tension por debajo de los 12V, éso es suficiente para que queden parpadeando las luces.
En otras palabras si la batería te alcanza para arrancar, pero siempre te parpadean las luces es que la batería ya está media perezosa, el ABS tiene que tener la tension bien para que no de falla.
De paso, las luces se resetean con el conector azul debajo del asiento (conectado a nada, es para eso), pones el pino del medio a tierra, pones contacto, apretas el boton de ABS del tablero por 10 segundos, apagas contacto, quitas la masa y listo, pero vuelvo y repito, si la batería está flojona, al prender la moto OTRA VEZ tendras las putas lucecitas titilando.