Las maletas VARIO juraría que son compatibles entre las R1200GS y las R1250GS.
Sobre la cerradura, se puede sin problemas. Se venden por ahí kits de cerraduras nuevas con las chapitas (guardias) para acomodar la cerradura a la llave. Si vas a reutilizar las que traen las maletas, tendrás que desmontarlas de la maleta (que te las mande abiertas), y luego codificarlas.
En YouTube tienes tutoriales para ver cómo se hace, no es difícil. Lo único que si sólo tienes las chapitas que traen esas cerraduras pues posiblemente tengas que quitar chapitas y/o limar chapitas para adaptar la cerradura a tu llave.