El motor de la NineT es un CamHead, el R1200 DOHC. Es mecánicamente el mismo en toda la gama R que lo monta, diferenciándose entre ellos en el color externo, por lo que en principio sería compatible con una R1200 DOHC R, GS o RT. si tu GS lleva el R1200 DOHC, pues sería el mismo motor.
Dicho esto, no sé en profundidad hasta qué punto es compatible el tema electrónico, esto es: centralitas, mapa de inyección, y compatibilidad entre el resto de elementos que dependen de esas centralitas. Quiero decir, será el mismo modelo de centralita, pero no sé la programación.
Respecto a la duda del bloque, el chasis y piezas que dependen de él, como el basculante, o de la transmisión... yo miraría en detalle en el RealOEM las referencias cruzadas de modelo original y donante. Misma referencia, misma pieza, 100% de compatibilidad.
Por ejemplo el engranaje angular, para el mismo color, tienen la misma referencia, por lo que es la misma pieza. El basculante no, por lo que no sería compatible. La caja de cambios también es la misma, aunque no sé internamente, si tienen los mismos desarrollos. El árbol de transmisión es el mismo...
Resumen: si es hacer un swap de motor, lo veo factible. Si es para más cosas, habría que ver en más detalle.