Lo de las luces míralo bien. He leído foreros que se han encontrado con la desagradable sorpresa de que al ir a pasar la ITV con sus luces auxiliares de fábrica (según salió la moto del concesionario nueva) les han puesto desfavorable porque no figuraban en la documentación. Según alguno, al preguntar donde la compró por este tema le dijeron que la homologación había que pagarla aparte (sí, yo también alucino). No digo que sea tu caso, pero asegúrate antes de ir año que viene a pasar la ITV.
Respecto al escape voy a rizar el rizo. Si está homologado para tu moto, en la ITV no debería haber problema, siempre que esté en buen estado (nada de quitar dbkillers, agujeros y demás, algo que doy por sentado tratándose de un Akrapovic). No necesitas pasar por industria ni nada por el estilo. Ahora bien, cualquier ayuntamiento puede poner límites de emisión de ruido en sus calles (en todas o en algunas), y en ese caso si te pasas da igual la ITV, la homologación y los papeles que tengas. Te pueden denunciar igual.