Hola,
JGM 
:
Lo que te ha ocurrido no es otra cosa que un "secuestro" del navegador. Esto es debido a que, como suele ser frecuente en Internet explorer, se te ha colado un troyano o un virus, posiblemente a través de algún correo o de alguna página que hayas visitado. Necesitaria saber algunos datos más, por ejemplo, si cuando se te abre una de estas ventanas emergentes, aparece en el marco de la misma la palabra CID. En este caso, se trata de un programilla que dependiendo como se te ha instalado puede tener diferentes soluciones, que pasan desde la más sencilla como sería ir a panel de control y desinstalar el programa que verás que aparece como instalado, junto con el resto de programas, a tener que pasar diferentes programas de detección y limpieza.
A grandes rasgos te aconsejaría lo siguiente:
1º Actualiza el antivirus que tengas.
2º Una vez actualizado, arranca el ordenador en modo a prueba de fallos, esto se hace manteniendo pulsada la tecla f5 en el momento que el ordenador inicia el arranque. Una vez arrancado, haz un escaneo de todo el sistema con el antivirus.
3º Una vez hecho este escaneo pásale los siguientes programas, recordando que nunca se han de pasar a la vez, sino que primero uno y después el otro. El orden que escojas da lo mismo. Spybot y Ad-aware.
4º A continuación y después de haber limpiado todo lo que estos programas hayan encontrado, haz una limpieza de registro, para ello podrían valerte programas como el CC Cleaner o el RegCleaner.
5º Reinicia el ordenador y verifica a ver si se ha solucionado el problema, en caso contrario, prueba a hacer una restauración de sistema. Suponiendo que tienes el XP sigue los siguentes pasos: Inicio - Programas - Accesorios - Herramientas del sistema - Restaurar sistema. Una vez allí verás que te sale un calendario con varios días marcados en negrita. Elige uno de ellos que recuerdes que tu ordenador iba bien y sigue los pasos que te va indicando. Es posible que la fecha que elijas no restaure el sistema, por lo que tendrías que ir probando con otras, siempre trata de elegir las más antiguas, si no recuerdas bien desde que fecha tienes el problema.
Te dejo los enlaces de donde te puedes descargar los programas que te he citado. Todos ellos son gratuitos, asi que elige la opción "Descarga gratis":
Spybot:
http://spybot-search-destroy.softonic.com/descargar#pathbar
Ad-aware:
http://ad-aware.softonic.com/descargar#pathbar
CCCleaner:
http://ccleaner.softonic.com/descargar#pathbar
RegCleaner:
http://regcleaner.softonic.com/descargar#pathbar
Por último y como te ha dicho Francesc, siempre te queda la opción de utilizar otro navegador como por ejemplo el Firefox de Mozilla, que da bastante menos problemas que el Internet Explorer.
http://www.mozilla-europe.org/es/firefox/
Si tienes alguna pega puedes enviarme un privado y trataré de mirar más opciones.
Espero haberte ayudado.
Un saludo
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