Se me ocurre que te puede estar pasando algo que me pasó una vez.
Antes de hacer nada, borra todos los GPX que has enviado al directorio, otra vez, no envíes nada y vete a Importar ruta. Sospecho que te van a seguir apareciendo rutas a importar, aunque no haya ninguna, aparentemente. Por eso, cuando las vuelves a enviar, las duplica, porque las sigue encontrando, aunque no las veas.
A mí me pasó con una ruta que aparecía en la lista de importables, cuando yo sabía que no tenía que estar. Acabé encontrándola incrustada, con otras cosas, en un fichero que se llama Current.gpx, que autogenera el propio sistema operativo del Navigator.
Probé a cargarme el fichero Current.gpx (no sin hacer una copia de seguridad primero, por si rompía algo más) y funcionó. La ruta fantasma desaperició y, al arrancar, volvió crear el fichero Current.gpx, pero vacío. Supongo que algo perdí, ya que borré la ruta fantasma y otras cosas, pero no llegué a notar ninguna diferencia en el funcionamiento del navegador, por lo que lo dejé así.
Lo que no sé es porqué llegó ahí, cuando no lo hace con otras rutas. Mi sospecha es que hubo algún problema al tratar de importar y que acabó grabando la ruta dentro de ese fichero. Pero no me ha vuelto a pasar.
Es un método un poco bestia. Si lo quieres probar, haz primero la copia de seguridad.
