Hola, como dicen por aquí dependerá del uso, pero yo diría que la inmensa mayoría, irá mejor con la GS de "carretera" (por suspensiones, altura al suelo, etc, no deja de serlo).
A la Dakar le podrías sacar alguna ventaja en ciertas situaciones (no tantas como te puedes imaginar, ya que dependerá de otros temas como tu altura -si llegas bien al suelo o no, puede ser mejor, incluso para caminos, la GS asfáltica que la dakar, ya que poder poner ambos pies en motos tan pesadas, da mucha seguridad), pero tambien se resiente lo suyo en uso asfáltico (mucho balanceo de suspensiones, y con maletas o carga, ni te cuento. Yo eso lo notaba mucho, y echaba de menos las suspensiones de carretera de la GS650, que seguro no tenía ese problema al ser cortas y "duras"
En resumen... creo que la GS650 asfáltica cumplirá con el uso que le pudieras dar a cualquiera de las dos, y creo que en la mayoría de los casos, sacrificar un porcentaje mínimo de uso off-road (que te puede proporcionar la Dakar por sus suspensiones), te reportará una mejoría importante en un enorme porcentaje de uso diario, carretera, etc. Y para cualquier usuario medio, las "trails asfálticas" de hoy en día le permiten meterse por un camino con mayor o menor dificultad, pero sin muchos problemas.
En todo caso, ten en cuenta que por ej, una Dakar pesa 200kg en orden de marcha, de modo que tampoco es para hacer "florituras" (por lo menos bajo mi punto de vista), y al final seguro que acabas usándola para lo mismo que la GS a secas, y entonces irá peor que ésta.
De todos modos, la Dakar creo que ya lleva bastante tiempo descatalogada ( es lógico, no había demanda, en España, por cada 10 gs´s de carretera, se vendía 1 dakar... y luego nos quejamos de que queremos "trail"¡¡¡¡ jejeje cuando nosotros mismos renegamos cuando hay que "tirar de cartera" y elegir vehículo para la "cruda realidad"

. La GS650 monocilindrica supongo que le quedan dos telediarios.
En resumen, a falta de pan... buenas son tostadas... es decir, entre ambas opciones me quedaría con la GS650 (basicamente una trail asfáltica, pero que seguro se adapta mejor al uso que cualquiera le daría)... pero si puedes ir a por la bicilíndrica, no lo dudes, seguro que es una moto a "largo plazo", no perderás casi nada (proporcionalmente) y ganarás en casi todo (por no decir en todo... vale, menos consumo¡¡¡¡).
Es mi opinión, claro.
Un saludo