La verdad es que la comparación no es fácil, pues como han dicho son motos muy diferentes. Yo he tenido 5 años una F650, he conducido mucho con amigos que tienen la GS1200 y la 1150, y tengo una F800S con 3.000 km, así que algo las he probado...

Antes que nada, TODAS son motos fantásticas, pero depende del uso que le vayas a dar, unas te irán mejor que otras.
La GS1200 es, sin duda, una moto más completa...y MÁS cara. Si costasen lo mismo no creo que me hubiese comprado la F800, pero ojo, no por prestaciones puras, sino por el uso general que le daría a la moto.
De todas formas, no puedo estar de acuerdo con Fran6:
En la primera curva nos asustamos porque en la frenada se hundio la moto , luego ya le cogimos un poco el rollo, pero no iba, parecia que estubiese limitada.
Cuando termino la primera ronda le preguntamos al monitor que si la moto estaba bien y nos pregunto que moto teniamos, al decirle la 1200GS se echo a reir. Nos dijo que eso es lo que hay.
Claro que se hunde! Es que lleva horquillas, no paralever como la GS1200! Cualquiera que coja una GS1200 sin estar acostumbrado a esa suspensión, alucina porque la moto no se hunde en las frenadas, y al principio agobia porque notas menos la transferencia de peso y no da confianza, luego te acostumbras, pero el sistema no tiene nada que ver. La F800 lleva un tarado blando en la primera parte del recorrido, pero te aseguro que no es fácil hacer tope porque se endurece bastante al final.
Respecto a la potencia, la forma de darla es totalmente diferente, mucho más par y desde abajo la 1200, pero no creas que arriba estira como una loca...en la recta del Jarama la F800 acaba con la misma velocidad punta que la GS1200 (o igual, dpende de la salida de la curva anterior) y los tiempos por vuelta son prácticamente iguales con pilotos medios (nosotros), que nos cuesta bajar de 2 min.
De todas formas, el día 10 vuelvo al Jarama, esta vez conociendo mejor mi moto, y ya te contaré.
Espero haberte aclarado algo.
Vsss