A ver, creo que intuyo lo que está haciendo, aunque no porqué lo hace. Y te voy a proponer que hagas una prueba.
Basecamp, cuando genera una ruta, añade. de forma automática, puntos de paso "ocultos" entre cada par de waypoints o puntos de ruta. Esos puntos tienen una marca especial para que el navegador los considere a la hora de calcular la ruta y asegurar que la clava, pero para que no los visualize ni como waypoints ni como puntos de paso.
Por alguna razón, el fichero de tu ruta tiene algún error y está haciendo que el navegador te muestre todas esas banderas, porque no está leyendo bien el fichero, y está considerando algunos de esos puntos ocultos como waypoints.
Alguna vez me ha pasado que una ruta que enviaba hacía cosas rara en el navegador. Por más que modificaba la ruta y la volvía a enviar, seguía haciendo cosas raras. La única solución que he encontrado, en esos casos, ha sido borrar la ruta y volverla a crear de nuevo, enlazando todos los waypoints.
Y, milagrosamente, el problema se ha arreglado, aunque nunca supe la causa.
Pruébalo, es el equivalente al mítico apagar y encender de los informáticos