En mi opinión y como programa más completo te recomendaría el eMule, ya que los otros dos que mencionas se centra más para la descarga de películas, juegos y música. Mientras que eMule, además, te permite buscar programas, documentos e imágenes. Por otro lado, en eMule siempre encontrarás más archivos puesto que dispone de más fuentes. Yo he conseguido bajar películas totalmente descatalogadas a través de este programa

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¿En que supera los otros dos programas a eMule? Pues básicamente en la velocidad, ya que estos trabajan con un sistema de descarga directa, es decir, a diferencia del eMule que necesita de varias fuentes y que al menos esté alguna conectada (cosa que no es dificil si el archivo en cuestión dispone de varias), Bittorrent o Ares alojan sus archivos en un servidor haciendo con este sistema que en dos o tres horas, dependiendo de tu ancho de banda tengas una película de 700mb bajada en tu ordenador. El eMule es algo más lento, pero si la película que bajas dispone de muchas fuentes es posible que la puedas tener en 6 o 7 horas

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¿Virus?
La posiblidad de que se pueda colar uno está en los tres programas, no solamente en el eMule, y esto aparte de que tengas el antivirus correctamente instalado y mantengas unas premisas, depende mucho de ti y de tu intuición. Además, como medida de seguridad es recomendable que antes de abrir un archivo descargado de la red, le pases el antivirus. Por otro lado, si sigues unas premisas dentro del eMule no tienes por qué tener ningún problema en ese sentido. Yo llevo utilizando este programa desde su inicio y nunca he tenido un problema en ese sentido. Si te decides por instalar este programa te puedo explicar como configurarlo y que hacer para que no tengas problemas

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Un saludo