Hay algo que se nos escapa...
Entiendo que cuando dices "comprobado", es que has mirado los valores de fábrica de todo verdad?? resistencia de los sensores, voltaje del tps... de los inyectores, todo!
Haz una prueba sencilla. Si todo está como debiera... (no hay entradas de aire en las toberas por una mala colocación de las tóricas) es raro que haya fluctuaciones al ralentí...
Desconecta la ficha del tps y prueba a arrancar, o bien arranca y desconecta a ver si varía el ralentí. Pudiera ser que se haya estropeado el tps y no mande información a la centralita del ángulo de giro del puño...
Los valores son fáciles de comprobar (es le mismo que el de las k100 16v o k1100) y hay un post de Baldrick que lo explica ( debe estar a 0,375mv)
Si varía, es que funciona, y el otro que se me ocurre es el sensor de temperatura que va en el lado derecho del motor, debajo del depósito. Si en caliente no puedes arrancar, puede que envíe un valor anómalo en caliente que haga que envíe más gasolina (le indica que el motor está frío... envía más gasolina y no puede la chispa encender la gasolina...)
Es lo único que se me ocurre.
No creo que sea de la distribución, ya que si bien es verdad que si estuviera mal calada, la moto al ralentí iría mal... iría mal siempre, además que en altas iría peor, y raro es que no hubieras doblado alguna válvula si ese fuera el caso. Cuando cambiamos el patín roto por el método del "click de famóbil" en la moto de kim, nos costó un huevo dejarla al punto, ya que se había soltado un diente, pero al girar ya se veía que no iba bien el motor. No creo que sea el caso...