Hola,
si la bomba de agua se avería, el líquido refrigerante deja de circular por el circuito que tiene previsto, o lo hace con un caudal escaso, no puede llegar al radiador y no se enfría lo que debiera, por lo que el síntoma más inmediato es que la temperatura del líquido/agua refrigerante suba y puede llegar a alcanzar la temperatura límite de ebullición. En definitiva, se impide una correcta evacuación del calor que genera el motor.
De todas formas en las F650 y F650GS la bomba de agua no suele fallar, porque en realidad es un mecanismo sencillo que consta de un álabe solidario a un eje en cuyo otro extremo está el engranaje que lo mueve. Los que suelen dar algún problema, son los retenes que mantienen aislado este eje del interior del motor donde está el engranaje. En este caso, se puede llegar a mezclar el líquido refrigerante con el aceite del motor, bien entrando aceite en el circuito de refrigeración, o como suele ser más habitual, líquido refrigerante en el aceite del motor. En cualquier caso, disminuye la capacidad refrigerante (del agua) y lubricante (del aceite). Es una avería que se debe reparar a la mayor brevedad para evitar problemas mayores.
En mi caso, la moto ya se acerca a los 112.000 Km y no ha dado ningún problema en este sentido. Sí he tenido un par de veces que cambiar el termostato del sistema refrigerante al quedarse obturado y no abrirse completamente cuando se alcanza la temperatura de trabajo normal. De esto me dí cuenta al aumentar la temperatura por encima de lo que era normal, indicada por el reloj que lleva la moto en el cuadro (es de la primera serie F650). En las motos que no llevan reloj de temperatura se supone que debe encenderse una luz del chivato que lleva con la indicación de temperatura. Ese problema sí es más común en las F monocilíndricas, y desconozco su incidencia en los motores de las bicilíndricas. Es fácil de cambiar el termostato y no presenta más problema si se repara a tiempo.
En fin, espero haberte ayudado...
Saludos.