No creo que haya ninguna solución "magica"- SI has hecho la ruta a golpe de click en basecamp, lo que tendrás serán viapoints, no waypoints.
Y el navigator sólo te deja elegir un waypoint como siguiente punto de la ruta. Por lo que, si está lejos, la recalculará completamente desde el punto en el que estas hasta ese waypoint, pasando de los viapoints que has marcado.
Se me ocurre una solución para hacerlo sobre la marcha, pero es algo engorrosa. A ver si consigo explicarme, porque hablo de memoria, no tengo el navigator ahora conmigo
Primero, seleccionas la ruta y la das al botón Mapa, en vez de Ir. Verás la ruta, las banderas de los waypoints (por lo menos, el origen y el destino final), los puntos azules de los viapoints y la flecha azul que te dice dónde estás. Cuentas en qué posición está el viapoint más cercano a tu posición, por el que quieras recomenzar la ruta, empezando desde el origen.
Luego, vuelves atrás, localizas el viapoint que está en la posición que has contado y lo conviertes en waypoint. Ahora no recuerdo si se puede cambiar directamente en la primera pantalla o hay que ir a editar ruta.
Y, finalmente, cuando ya hayas hecho el cambio, al darle al botón Ir ya te aparecerá el waypoint seleccionable como siguiente destino de la ruta.
Como te digo, algo engorroso, pero te saca del apuro.